Публикую рекомендации технической поддержки хостинга pleohost.ru, т.к. у них получилось объяснить все в сжатой форме и по сути.

В последнее время (может быть последний год), Яндекс уделял достаточно активное внимание борьбе с вирусами на сайтах. Оно и понятно - случаи заражения в сети участились.