В последнее время (может быть последний год), Яндекс уделял достаточно активное внимание борьбе с вирусами на сайтах. Оно и понятно - случаи заражения в сети участились.
Вместе с тем, следует понимать, как чаще всего вирусы попадают на сайты: вы не поверите, но это ftp. Т.е. попаданию вируса на сайт предшествует то, что троян ворует с компьютера, с которого осуществляется доступ по ftp к сайтам (а, как ни крути, на многие сайты постоянно ходят через ФТП). При этом троян не обязательно сворует данные именно из какой-то отдельной программы, например FAR или Total Commander (последний вообще сам признается, что storing of passwords is insecure), нет... Он пронюхает пароли во время соединения.

Как выглядит вирус на сайте и как узнать о нем?

Как правило на зараженные сайты ставят либо открывающиеся фреймы с внешним источником, которые, либо сами заразить могут, либо куда-то редиректят (типа какой-нибудь порнухи, но я такого решения не видел), либо ставят втихаря (через какой-нибудь display:none) или в открытую ссылки в сапе. Представляете, запустил троянов, они погуляли по сети, налямзили паролей, передали их диспетчеру (тоже программа или скрипт, которая потом эти ссылки ставит) поставили ссылочек на чужие сайты. Поди плохо?

Самый громкий метод - яндекс и гугл сами вам скажут, что на сайте вирус, вы просто увидите возле вашего сайта ссылочку в выдаче (что этот сайт может нанести вред Вашему компьютеру).

Как избежать воровства паролей?

Как убрать вирус с сайта?

Основных метода два -