Публикую рекомендации технической поддержки хостинга pleohost.ru, т.к. у них получилось объяснить все в сжатой форме и по сути.

У меня взломали сайт по фтп и в файлах появились коды сторонние?
Ответ: Схема заражения данным вирусом очень простая: используя уязвимости в настройке безопасности браузера, пользователь заходит на зараженный сайт и на его компьютер автоматически устанавливается вредоносная программа. Далее вирус начинает отслеживать логины и пароли от FTP, отсылая необходимые данные злоумышленникам. По прошествии некоторого времени на компьютерах злоумышленника запускается специальная программа, которая подключается по FTP к различным сайтам и встраивает в начало или конец страниц этих сайтов собственный HTML-код.
Что нужно делать чтобы ваш сайт не пострадал от такой атаки:
1. Актуальный антивирус + что то из Анти Spyware программ и фаервол.
2. Постоянные обновления данных программ.
3. Для обеспечения безопасности вашего FTP разрешите подключения только с ваших IP адресов.